Таинство церковного покаяния отсутствовало первоначально в христианском культе. По евангельским сказаниям покаяние и исповедь происходили при ритуальном омовении. Ведь Иоанн Креститель проповедовал «крещение покаяния для прощения грехов» (Лк. 3:3; М. 1:4), и «крестились от него в Иордане, исповедуя грехи свои» (Мф. 3:6).

Следовательно, покаяние и исповедь являлись элементами крещения, с помощью которого грехи исповедовавшегося во время омовения водой смывались и прощались богом. При этом исповедь и покаяние происходили как коллективный обряд во время которого верующие каялись в грех непосредственно богу. Коллективное покаяние сохранялось в христианстве вплоть до XIII века. Это происходило публично, т. е. каждый верующий громко перечислял перед другими верующими свои грехи, и каялся, прося бога простить его прегрешения. С возникновением священства, т. е. профессиональных служителей культа, божественная привилегия очищения от грехов постепенно была передана священникам и отделена от обряда крещения.

Следующим шагом превращения обряда в таинство явился переход от коллективной исповеди и покаяния к индивидуальному совершению обряда священником в первую очередь как подготовка верующего к таинству причащения. Церковь преследовала при этом двойную цель: во-первых, использовалось психологическое воздействие исповеди на верующего. Человек, рассказав другому то, что его мучает, получает облегчение, «отводит душу». Этим, в частности, австрийский психиатр Зигмунд Фрейд обосновал действие психоанализа.

Религия же объясняет облегчение в результате исповеди благодатью, которую священник от имени бога передает кающемуся, отпуская ему грехи, какими бы тяжкими они ни были. Во-вторых, верующий попадал в зависимость от священника, церкви, т. к. перед лицом бога он рассказывал о всех своих поступках. Ведь церковь утверждала, что всевидящий бог и так все знает, а исповедь является проверкой добросовестности верующих перед богом.